Erzählt wird die Geschichte der deutschen Ärztin Martina ( Catrin Striebeck), die in der kurdischen Region im Norden Iraks an der Grenze zum „Islamischen Staat“ für eine deutsche Hilfsorganisation arbeitet. Bei einer Grenzfahrt wird Martina von einer mit dem IS verbundenen sunnitischen Gruppe gekidnappt, weil diese einen Waffentransport vermutet.

Diese Geiselnahme entwickelt sich zu einem packenden Wechselspiel, in dem alle Akteure -IS, PKK, die sunnitischen Stämme und die deutschen und türkischen Geheimdienste - ihre eigenen politischen Interessen verfolgen und versuchen irgendwie durchzusetzen. Nach ihrer Befreiung durch Kontakte des BND wird sie von dem deutschen Geheimdienstmitarbeiter Moses (Christoph Bach) über die Zeit in Gefangenschaft befragt, wobei wiederum nicht klar ist, welche Rolle Moses tatsächlich in dieser Geschichte spielt.

DAS MILAN PROTOKOLL vom Regisseur Peter Ott ist ein dicht gesponnener Thriller, der unter anderem auch an den Originalplätzen in Dohuk, Nordirak, gedreht wurde.