In der heutigen Zeit. Callum Lynch (Michael Fassbender) wurde wegen Mord zu Tode verurteilt. Während seiner Hinrichtung wird er jedoch von einem geheimen Unternehmen entführt, das ihn nach Madrid bringt. Dort werden seine genetischen Erinnerungen mit einer revolutionären Technologie entschlüsselt.

So kehrt er ins 15. Jahrhundert zurück, indem er die Abenteuer seines Vorfahren Aguilar während der Spanischen Inquisition erlebt. Denn er soll die Fähigkeiten des Assassin's erlernen um mit diesen in der Gegenwart die Mitglieder des Templerorden bekämpfen zu können.

"Assassin's Creed" basiert auf dem gleichnamigen, äusserst erfolgreichen Videospiel und wurde von Justin Kurzel inszeniert. Der Charakter des Callum Lynch sowie die geschichtliche Handlung wurde eignest für den Film entwickelt.