Deutsch-Ostafrika zu Beginn des Ersten Weltkriegs: Bootskapitän Charlie Allnutt (Humphrey Bogart) versorgt mit seinem kleinen Flussdampfer „African Queen“ eine Siedlung, in der auch die gottesfürchtige Methodistin Rose Sayer (Katharine Hepburn) mit ihrem Bruder Samuel (Robert Morley) lebt.

Nach der überraschenden Zerstörung der Siedlung sieht sich der raubeinige und freiheitsliebende Charlie in der Verantwortung und nimmt die altjüngferliche Rose mit an Bord, die ihm mit ihrer Sittenstrenge sein geliebtes Lotterleben schwermacht.

Auf der abenteuerlichen und nicht selten strapaziösen Reise kommt sich das ungleiche Paar allmählich näher – nichtsahnend, dass die härtesten Prüfungen erst noch bevorstehen.