Das Unvorstellbare ist geschehen: Equestria hat seine Magie verloren. Erdponys, Einhörner und Pegasi sind nun nicht mehr befreundet und leben nach Arten getrennt. Doch das idealistische Erdpony Sunny (Vanessa Hudgens) will unbedingt einen Weg finden, um die Magie zurückzubringen und ihre Welt wieder zu vereinen. Mit dem munteren Einhorn Izzy (Kimiko Glenn) reist es in ferne Länder, wo sie die charismatischen und mutigen Pegasi Pipp (Sofia Carson) und Zipp (Liza Koshy) und das überaus verantwortungsbewusste Erdpony Hitch (James Marsden) kennenlernen.

Auf ihrer abenteuerlichen Reise geschieht so manches Missgeschick, doch die neuen besten Freunde haben ihre ganz eigenen Begabungen, die es womöglich braucht, um die Magie zurück in ihre Welt zu bringen und zu beweisen, dass auch kleine Ponys einen großen Unterschied bewirken können.