NEW MUTANTS erzählt die Geschichte einer Gruppe von Mutanten, die zu den ersten Absolventen der Charles Xavier' Schule gehören: Rahne Sinclair (Maisie Williams), Illyana Rasputin (Anya Taylor-Joy), Sam Guthrie (Charlie Heaton) und Roberto da Costa (Henry Zaga) sind vier junge Mutanten, die zur psychiatrischen Überwachung in einem isolierten Krankenhaus festgehalten werden.

Dr. Cecilia Reyes (Alice Braga) glaubt, dass die Teenager eine Gefahr für sich und die Gesellschaft darstellen. Deshalb behält sie sie immer genau im Blick, während sie ihnen beizubringen versucht, ihre Mutantenkräfte besser zu kontrollieren. Als mit Danielle „Dani“ Moonstar (Blu Hunt) eine weitere Mutantin eingeliefert wird, kommt es zu mysteriösen Erscheinungen.

Plötzlich leiden die Patienten des Krankenhauses unter seltsamen Halluzinationen und Flashbacks. Die Situation gerät immer weiter ausser Kontrolle, bis die NEW MUTANTS gezwungen sind, ihr gegenseitiges Misstrauen zu überwinden. Nur vereint und mit geballten Superkräften haben sie eine Überlebenschance…